迷失岛2最后飞船离开的关键在于收集蓝色能量块并正确启动飞船控制系统。玩家需要先在工厂左侧房间用绿色药水复活外星人，获得组合提示，随后将石饼放入工厂右侧房间的对应位置炼成金色石饼。金色石饼需带回过去的神庙一层密室激活机关，根据岛上石像眼睛方向解开密码才能获得蓝色能量块。这一系列步骤要求玩家充分结合时空穿梭机制与场景线索。
返回现代后，蓝色能量块需投入飞船一层的能源槽。进入飞船驾驶舱，操作台需要输入从古代石像投影记录的密码序列。密码呈现为光线组成的钟表指针图案，玩家需将六个仪表盘调整为7、12、5、10、1、9点的对应位置。若处于二周目，还需额外参考神庙墙壁的红珠子图案调整顺序。正确输入后飞船引擎启动，但需注意最终阶段会遭遇玻璃罩阻碍，需通过仪表二次校准才能突破。
飞船冷冻舱中的宇航员会提示燃料不足的问题，这是剧情设定而非操作障碍。玩家无需在此消耗物资，所有必需道具均已通过前期解谜获取。关键道具包括：工厂获得的时间石块、神庙密室取得的绿色药水、鲸鱼体内剖出的鱼骨等。这些物品在时空转换中具有多重用途，例如绿色药水既能复活外星人又能麻醉蜣螂获取花纹线索。
游戏采用非线性叙事结构，飞船离开并非单一结局。完成全部石像机关可解锁标准结局，若收集齐四个蓝色方块和红珠子则触发二周目隐藏结局。两种结局中飞船突破玻璃罩的动画有所不同，但核心操作逻辑一致。开发者通过这种设计强化了时间灰烬的主题表达，所有解谜步骤均与时间循环概念紧密关联。
攻略过程中需特别注意三个易错点：工厂木桩物品漂浮阶段必须严格按外星人提示顺序摆放；神庙密室的金色石饼放置后需记录墙上新出现的石像眼睛方向；驾驶舱仪表调节需以钟表刻度为基准而非数字显示。这些环节的线索分散在实验室雷达图、工厂墙壁符号等场景细节中，建议善用游戏内笔记功能实时记录。
