航母作为核心战略单位，其优势发挥高度依赖舰队搭配。太阳鲸-武装战略航空母舰是综合属性最强的载机战舰，配备大型炮艇船坞，兼具输出与防御能力，适合作为主力舰队核心。该舰需要搭配高生存性的前排单位，如ST59级防御战列巡洋舰或奇美拉级重型巡洋舰，以吸收敌方火力并保护航母的载机系统。
CV3000级航空母舰因其11机舱容量成为通用性最强的选择，可搭载全部战机与护航艇。该舰适合与高速巡洋舰组队，如艾奥级攻坚离子炮巡洋舰或卡利斯托-巡洋舰，利用后者重型鱼雷的爆发输出形成立体打击体系。需航母移速普遍低于500，应避免与龟速战巡混编，否则会拖累整体机动性。增援指令是解决指挥值限制的关键，建议先派遣高速侦查舰建立计划圈，再通过增援功能调用航母。
猎兵级-重型舰载机巡洋舰虽非航母，但18指挥值搭载4艘护航艇的特性使其成为性价比最高的防空补充单位。实战中建议将5艘猎兵级与10架蜂巢护航艇混编，配合刺水母防空型护卫舰形成三层防空网。这种配置能有效拦截敌方舰载机，但需注意避免独立作战，需与主力舰队保持协同。
后期舰队建设中，新君士坦丁大帝级战巡与永恒风暴级战巡是航母的最佳增援选择。前者改装能量护盾与自修复系统后可持续作战，后者凭借高机动性实现快速部署。需特别关注舰载机配置优先级：小米防空机与VB输出机构成基础战力，维塔斯系列护航艇则能针对敌方子系统进行精确打击。预制模组系统可缩短航母再生产时间，建议在安全时段提前准备2-3组备用模组。
诺玛支援型护卫舰与苔原载机维修舰是首选，其维修量虽无法完全抵消战损，但能为大船争取输出时间。这类单位应部署在舰队侧翼，利用驱逐舰的回避特性减少被集火概率。维修舰技术值需求较高，需优先完成相关科技树强化。
